Allomyces macrogynus cox1.I3

[Back to chloroplast introns by organism] [Back to home page]

Information of Euglena gracilis psbD.I8 intron (Format of information for each intron)

[intron sequence]

[intron with flanking sequence]

[ORF sequence]

[secondary structure]

[intron sequence]

The boundaries of the intron are marked as red and the ORF is marked as blue.

For many organellar introns, the ORF is translated in frame with the upstream

exon ORF. The precursor protein is then processed to a mature form that cuts

off all of the exon-encoded and some of the intron-encoded polypeptide. This

situation is indicated here by blue-coded ORF that extends to the start of

the intron rather than by a translation start approximately 500 bp after the

start of the intron.

3' end

gtacggc taatagtatt cagttacaat accacggtta

8941 ttctatagag tagagtggtc tctttggtac aagatgcgta tttttaatgc cgaaaaacaa

9001 atgtgtttat taggaaagta gtttagatta aaaattacag ttgtgtagtt atacgttttg

9061 ctactttaat aaatatgtgt taaaaaccgt gaatgctaga aaccaatctt ttatttatta

9121 cttttttatt tttaagaaat ttgacttggt taatctaatc atgtttgatt tttctttgca

9181 aaataagctt tgcatattgg gttagttatt gtaccttgta gttatgtcgg taaattagcg

9241 tatttttaat ttgtagtttt tatgtgtaat tgaaaagatc ttagtaaaaa tcaataattt

9301 tttttggttg aacgacaatg tgaaaaagca aatgttttga aataatagtt caaaaatgac

9361 atggaaaagt taaatacttg atcatgcaat tatgctaacg ttacattagc tcaaaacatt

9421 ttttatgttg aattcggcaa ttcaattttg ttttttaaaa gtttatgtga attttgataa

9481 aagaagtttt taacttttca atgttatatt atataatttt atagattaat ttgatattta

9541 gtataaattt tacttatatt ttttgttttt tagtttataa taagcgttat gaacgttaac

9601 tcatttttaa attttgaacg accgttttac tattaatgct tactgttttc cttatgttaa

9661 tagatataat attcaatctg taaaaaatat tttaatagct gattatttga gtacagaaat

9721 aatgttttta aaagatatac atcaattttt tcttggtttt gttattacaa atactattat

9781 tgttattata ggtcaaataa accttcagtt taaaaattct tataatattg taagtggttt

9841 aaaagtgcag caacttgatt ctattaagta ttattgtaaa gtattaacgc acgatagtag

9901 ttgtttgttt tttagaaatt gtttagctgt aattgatagt attattgtta atattgacga

9961 atatctttca ttatctcctt ttaaaagacg agaaaagttt ttacaagatg tggaatcttt

10021 gaataaccct tctgtgcctg ctcgtttatt tataaatccg aaaaaagatt ttattttgat

10081 acatcgtaag ggagtatctt tgaagattcg aagtactttt caaatgtatt caatttataa

10141 gtttaatgtt tcagttagta agaatgcagc tatatttaat actttaagac cgagtgattt

10201 catttctttt ttagaatatt atagtgatat gaacattaat gaaatactta ttaatgttct

10261 gaataactat ggattaaatg atatttcctt gtttttggta aaaaagattt tttatttatt

10321 tgattcagat aagatttttt ttaatgagtt tataggtgtt gatagcgttc ctttagaata

10381 ttttttactt tttttatcaa aaaagtacat tattagagca aggaaagaat cgcctttaaa

10441 aatatatact gactttgaag atttttacat acacggttca tttaaaaata ttttaaaaat

10501 gcaacagcaa aaaattaaac aaaaccttgg ttttaaaaca aaatctaatt tttttacagg

10561 aatatagttg tggcaaattt gaaaaaattt ttgtgtaaat ttcgcactaa gaaaatacgt

10621 agaagagata attttatgtt aataaaagta aattttatgg agcattatct tttaaataaa

10681 caatttgagt tagcctctgc tattaaatca agaaacaaaa ttttaatcca taaattagta

10741 tctgatgtct tagtttctta taattcatta tgttatgctg tatacaaaac gttgaagaat

10801 tcggatgata aatcttcatc gaatattcaa aaaaaaaaaa aaaaaaagaa aaattttcaa

10861 aatttagttg attctttaaa atgttttgta ttgaattatg atttttataa aatcagatgt

10921 ttaaatttat attatcttcg caattttatc gattgcaaag accaattctt acactttcat

10981 tttttggata tagctttgca aaatctatat agttttatat tttttccttt tcttgaatca

11041 aatttggata aatttacgta tggaccgaga gtttttcggt cttctattga tgcggtaaaa

11101 gtattgtttt tgttgggtaa acaaaaaaag tatagtaatt ataataaata tctcttttgt

11161 tttgctttta actatacgat tgtaaaatgc tttgatgcag tttttaatag ttgggtgtta

11221 tctaatgttt catttattga taagtcgatt ctttcttttt gggttaaaaa tggatttgat

11281 aatttttaca gcggtgatca attttttttt caaaaaaaaa attttgaaat aaataggggg

11341 acatctttaa tttttttggt tatttttaat tttgttttta tgggtatgca atttttttta

11401 gaatcttcga tactttctaa atttggattt ttttctaagt ttgtcttaat tactgattta

11461 aatagtgttg ttatattatc ttctgattta aaaacggcaa aaattgttaa aagtagtttg

11521 ttaatttttt ttcattcgcg tggtatttgc caaaatttcc gtgataattc tattgtcgac

11581 tttttttgta aaaattgtga gaataaaaat tttgtttttt gcgggattac ttttcactat

11641 aaattgattc atggagaata taaatttgtt ttatctccaa ttttggaaaa aattaagaat

11701 gtaaaaaaaa aagttttaaa cctttgtaaa aaattttcta aacctttagt tcttttcgac

11761 aatatcaaac ctttgatgaa gtcttggttt aattcttata aaattattaa aaacaattat

11821 tcttttttaa aattgtctta ttggatagta ggaaaaataa caaaatcaat ttatctttta

11881 tatgttaatt cgaattttga aaggggaaaa tttggtattc gtaaaggtag acggtctgga

11941 agactttata aaaatatagc tgctcaggtt gttaaaaggt tatatttttt aaaagatcaa

12001 caacgttttt ttataaatac cattgaaggg aaaattatat ttaaaggttt tagcgttggt

12061 ttatcaaaaa aaaatagtat agaactgaaa aatttttttt caaattcttt aaaaggtaaa

12121 aaattttttg ccacttttgg taaaaatttt ttttaattgt tttgactatt acgatttgag

12181 gacacttatc tttcaagata aatcatttgc tagagagtat ttttttcgaa aatgtaaagg

12241 attttgccct ctttgtaaaa gagatttttt actttgcaat tttaaatttt attatgtagt

12301 tccaattaat ttgaattatt taaaaaaaat ttttaatgtt atacctttgt gtttttgttg

12361 ttacaaaatg gtttttatga ttatgaaaat taataatgtg agaagtttag aaaaatttat

12421 tcgattatct ttgttgaagt taaattgaaa tttcatatct tggattcgta gaattagaat

12481 agaaggagag gagccgtatg aattaaaatg ttcatgtacg gttttggagg gacttattgt

12541 ttttttaagt caccctcacg t

[top]

[intron& flanking sequence]

Genbank entry, intron is marked as red

ccttttg tacttgaagt gtattttact tttttgcaat tattttaact aactaaattc

8461 ttacctttta agtctgttaa taattttttg gtgtatatct atatgttgtt agattatata

8521 tataaataag gaaatcaagt ttttaatcaa aaggtggttt aaaaaattaa atagtgttgt

8581 tagtataaat tttatgtata tttacttaag tcacagttgt atagtatcga aagttttgcg

8641 ttttgtttta attaaaaatt ttagctgagt agctgtatga ttataatttt tcatgtacag

8701 tttcaaaaaa agttttttat tttttaataa aaatcaattt tctcaaaata ctattttcga

8761 agatggggat agtccaaata catttagagc atttaatcca cttcaatctg aagaaactta

8821 ttctatggtg acagctaatc gtttttggtc tcaaattttt ggtgtagctt tttcaaataa

8881 gcgctggttg cattttttta tgggtacggc taatagtatt cagttacaat accacggtta