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Information of Euglena gracilis psbD.I8 intron   (Format of information for each intron)

[intron sequence]

[intron with flanking sequence]

[ORF sequence]

[secondary structure]

[intron sequence]

 

The boundaries of the intron are marked as red and the ORF is marked as blue.

For many organellar introns, the ORF is translated in frame with the upstream

exon ORF. The precursor protein is then processed to a mature form that cuts 

off all of the exon-encoded and some of the intron-encoded polypeptide. This 

situation is indicated here by blue-coded ORF that extends to the start of 

the intron rather than by a translation start approximately 500 bp after the 

start of the intron.

3' end

                               gtacggc taatagtatt cagttacaat accacggtta 

 8941 ttctatagag tagagtggtc tctttggtac aagatgcgta tttttaatgc cgaaaaacaa 

 9001 atgtgtttat taggaaagta gtttagatta aaaattacag ttgtgtagtt atacgttttg 

 9061 ctactttaat aaatatgtgt taaaaaccgt gaatgctaga aaccaatctt ttatttatta 

 9121 cttttttatt tttaagaaat ttgacttggt taatctaatc atgtttgatt tttctttgca 

 9181 aaataagctt tgcatattgg gttagttatt gtaccttgta gttatgtcgg taaattagcg 

 9241 tatttttaat ttgtagtttt tatgtgtaat tgaaaagatc ttagtaaaaa tcaataattt 

 9301 tttttggttg aacgacaatg tgaaaaagca aatgttttga aataatagtt caaaaatgac 

 9361 atggaaaagt taaatacttg atcatgcaat tatgctaacg ttacattagc tcaaaacatt 

 9421 ttttatgttg aattcggcaa ttcaattttg ttttttaaaa gtttatgtga attttgataa 

 9481 aagaagtttt taacttttca atgttatatt atataatttt atagattaat ttgatattta 

 9541 gtataaattt tacttatatt ttttgttttt tagtttataa taagcgttat gaacgttaac 

 9601 tcatttttaa attttgaacg accgttttac tattaatgct tactgttttc cttatgttaa 

 9661 tagatataat attcaatctg taaaaaatat tttaatagct gattatttga gtacagaaat 

 9721 aatgttttta aaagatatac atcaattttt tcttggtttt gttattacaa atactattat 

 9781 tgttattata ggtcaaataa accttcagtt taaaaattct tataatattg taagtggttt 

 9841 aaaagtgcag caacttgatt ctattaagta ttattgtaaa gtattaacgc acgatagtag 

 9901 ttgtttgttt tttagaaatt gtttagctgt aattgatagt attattgtta atattgacga 

 9961 atatctttca ttatctcctt ttaaaagacg agaaaagttt ttacaagatg tggaatcttt 

10021 gaataaccct tctgtgcctg ctcgtttatt tataaatccg aaaaaagatt ttattttgat 

10081 acatcgtaag ggagtatctt tgaagattcg aagtactttt caaatgtatt caatttataa 

10141 gtttaatgtt tcagttagta agaatgcagc tatatttaat actttaagac cgagtgattt 

10201 catttctttt ttagaatatt atagtgatat gaacattaat gaaatactta ttaatgttct 

10261 gaataactat ggattaaatg atatttcctt gtttttggta aaaaagattt tttatttatt 

10321 tgattcagat aagatttttt ttaatgagtt tataggtgtt gatagcgttc ctttagaata 

10381 ttttttactt tttttatcaa aaaagtacat tattagagca aggaaagaat cgcctttaaa 

10441 aatatatact gactttgaag atttttacat acacggttca tttaaaaata ttttaaaaat 

10501 gcaacagcaa aaaattaaac aaaaccttgg ttttaaaaca aaatctaatt tttttacagg 

10561 aatatagttg tggcaaattt gaaaaaattt ttgtgtaaat ttcgcactaa gaaaatacgt 

10621 agaagagata attttatgtt aataaaagta aattttatgg agcattatct tttaaataaa 

10681 caatttgagt tagcctctgc tattaaatca agaaacaaaa ttttaatcca taaattagta 

10741 tctgatgtct tagtttctta taattcatta tgttatgctg tatacaaaac gttgaagaat 

10801 tcggatgata aatcttcatc gaatattcaa aaaaaaaaaa aaaaaaagaa aaattttcaa 

10861 aatttagttg attctttaaa atgttttgta ttgaattatg atttttataa aatcagatgt 

10921 ttaaatttat attatcttcg caattttatc gattgcaaag accaattctt acactttcat 

10981 tttttggata tagctttgca aaatctatat agttttatat tttttccttt tcttgaatca 

11041 aatttggata aatttacgta tggaccgaga gtttttcggt cttctattga tgcggtaaaa 

11101 gtattgtttt tgttgggtaa acaaaaaaag tatagtaatt ataataaata tctcttttgt 

11161 tttgctttta actatacgat tgtaaaatgc tttgatgcag tttttaatag ttgggtgtta 

11221 tctaatgttt catttattga taagtcgatt ctttcttttt gggttaaaaa tggatttgat 

11281 aatttttaca gcggtgatca attttttttt caaaaaaaaa attttgaaat aaataggggg 

11341 acatctttaa tttttttggt tatttttaat tttgttttta tgggtatgca atttttttta 

11401 gaatcttcga tactttctaa atttggattt ttttctaagt ttgtcttaat tactgattta 

11461 aatagtgttg ttatattatc ttctgattta aaaacggcaa aaattgttaa aagtagtttg 

11521 ttaatttttt ttcattcgcg tggtatttgc caaaatttcc gtgataattc tattgtcgac 

11581 tttttttgta aaaattgtga gaataaaaat tttgtttttt gcgggattac ttttcactat 

11641 aaattgattc atggagaata taaatttgtt ttatctccaa ttttggaaaa aattaagaat 

11701 gtaaaaaaaa aagttttaaa cctttgtaaa aaattttcta aacctttagt tcttttcgac 

11761 aatatcaaac ctttgatgaa gtcttggttt aattcttata aaattattaa aaacaattat 

11821 tcttttttaa aattgtctta ttggatagta ggaaaaataa caaaatcaat ttatctttta 

11881 tatgttaatt cgaattttga aaggggaaaa tttggtattc gtaaaggtag acggtctgga 

11941 agactttata aaaatatagc tgctcaggtt gttaaaaggt tatatttttt aaaagatcaa 

12001 caacgttttt ttataaatac cattgaaggg aaaattatat ttaaaggttt tagcgttggt 

12061 ttatcaaaaa aaaatagtat agaactgaaa aatttttttt caaattcttt aaaaggtaaa 

12121 aaattttttg ccacttttgg taaaaatttt ttttaattgt tttgactatt acgatttgag 

12181 gacacttatc tttcaagata aatcatttgc tagagagtat ttttttcgaa aatgtaaagg 

12241 attttgccct ctttgtaaaa gagatttttt actttgcaat tttaaatttt attatgtagt 

12301 tccaattaat ttgaattatt taaaaaaaat ttttaatgtt atacctttgt gtttttgttg 

12361 ttacaaaatg gtttttatga ttatgaaaat taataatgtg agaagtttag aaaaatttat 

12421 tcgattatct ttgttgaagt taaattgaaa tttcatatct tggattcgta gaattagaat 

12481 agaaggagag gagccgtatg aattaaaatg ttcatgtacg gttttggagg gacttattgt 

12541 ttttttaagt caccctcacg t

 

                                                                   

[top]


 

 

[intron& flanking sequence]

 

Genbank entry, intron is marked as red

 

         ccttttg tacttgaagt gtattttact tttttgcaat tattttaact aactaaattc 

 8461 ttacctttta agtctgttaa taattttttg gtgtatatct atatgttgtt agattatata 

 8521 tataaataag gaaatcaagt ttttaatcaa aaggtggttt aaaaaattaa atagtgttgt 

 8581 tagtataaat tttatgtata tttacttaag tcacagttgt atagtatcga aagttttgcg 

 8641 ttttgtttta attaaaaatt ttagctgagt agctgtatga ttataatttt tcatgtacag 

 8701 tttcaaaaaa agttttttat tttttaataa aaatcaattt tctcaaaata ctattttcga 

 8761 agatggggat agtccaaata catttagagc atttaatcca cttcaatctg aagaaactta 

 8821 ttctatggtg acagctaatc gtttttggtc tcaaattttt ggtgtagctt tttcaaataa 

 8881 gcgctggttg cattttttta tgggtacggc taatagtatt cagttacaat accacggtta 

 8941 ttctatagag tagagtggtc tctttggtac aagatgcgta tttttaatgc cgaaaaacaa 

 9001 atgtgtttat taggaaagta gtttagatta aaaattacag ttgtgtagtt atacgttttg 

 9061 ctactttaat aaatatgtgt taaaaaccgt gaatgctaga aaccaatctt ttatttatta 

 9121 cttttttatt tttaagaaat ttgacttggt taatctaatc atgtttgatt tttctttgca 

 9181 aaataagctt tgcatattgg gttagttatt gtaccttgta gttatgtcgg taaattagcg 

 9241 tatttttaat ttgtagtttt tatgtgtaat tgaaaagatc ttagtaaaaa tcaataattt 

 9301 tttttggttg aacgacaatg tgaaaaagca aatgttttga aataatagtt caaaaatgac 

 9361 atggaaaagt taaatacttg atcatgcaat tatgctaacg ttacattagc tcaaaacatt 

 9421 ttttatgttg aattcggcaa ttcaattttg ttttttaaaa gtttatgtga attttgataa 

 9481 aagaagtttt taacttttca atgttatatt atataatttt atagattaat ttgatattta 

 9541 gtataaattt tacttatatt ttttgttttt tagtttataa taagcgttat gaacgttaac 

 9601 tcatttttaa attttgaacg accgttttac tattaatgct tactgttttc cttatgttaa 

 9661 tagatataat attcaatctg taaaaaatat tttaatagct gattatttga gtacagaaat 

 9721 aatgttttta aaagatatac atcaattttt tcttggtttt gttattacaa atactattat 

 9781 tgttattata ggtcaaataa accttcagtt taaaaattct tataatattg taagtggttt 

 9841 aaaagtgcag caacttgatt ctattaagta ttattgtaaa gtattaacgc acgatagtag 

 9901 ttgtttgttt tttagaaatt gtttagctgt aattgatagt attattgtta atattgacga 

 9961 atatctttca ttatctcctt ttaaaagacg agaaaagttt ttacaagatg tggaatcttt 

10021 gaataaccct tctgtgcctg ctcgtttatt tataaatccg aaaaaagatt ttattttgat 

10081 acatcgtaag ggagtatctt tgaagattcg aagtactttt caaatgtatt caatttataa 

10141 gtttaatgtt tcagttagta agaatgcagc tatatttaat actttaagac cgagtgattt 

10201 catttctttt ttagaatatt atagtgatat gaacattaat gaaatactta ttaatgttct 

10261 gaataactat ggattaaatg atatttcctt gtttttggta aaaaagattt tttatttatt 

10321 tgattcagat aagatttttt ttaatgagtt tataggtgtt gatagcgttc ctttagaata 

10381 ttttttactt tttttatcaa aaaagtacat tattagagca aggaaagaat cgcctttaaa 

10441 aatatatact gactttgaag atttttacat acacggttca tttaaaaata ttttaaaaat 

10501 gcaacagcaa aaaattaaac aaaaccttgg ttttaaaaca aaatctaatt tttttacagg 

10561 aatatagttg tggcaaattt gaaaaaattt ttgtgtaaat ttcgcactaa gaaaatacgt 

10621 agaagagata attttatgtt aataaaagta aattttatgg agcattatct tttaaataaa 

10681 caatttgagt tagcctctgc tattaaatca agaaacaaaa ttttaatcca taaattagta 

10741 tctgatgtct tagtttctta taattcatta tgttatgctg tatacaaaac gttgaagaat 

10801 tcggatgata aatcttcatc gaatattcaa aaaaaaaaaa aaaaaaagaa aaattttcaa 

10861 aatttagttg attctttaaa atgttttgta ttgaattatg atttttataa aatcagatgt 

10921 ttaaatttat attatcttcg caattttatc gattgcaaag accaattctt acactttcat 

10981 tttttggata tagctttgca aaatctatat agttttatat tttttccttt tcttgaatca 

11041 aatttggata aatttacgta tggaccgaga gtttttcggt cttctattga tgcggtaaaa 

11101 gtattgtttt tgttgggtaa acaaaaaaag tatagtaatt ataataaata tctcttttgt 

11161 tttgctttta actatacgat tgtaaaatgc tttgatgcag tttttaatag ttgggtgtta 

11221 tctaatgttt catttattga taagtcgatt ctttcttttt gggttaaaaa tggatttgat 

11281 aatttttaca gcggtgatca attttttttt caaaaaaaaa attttgaaat aaataggggg 

11341 acatctttaa tttttttggt tatttttaat tttgttttta tgggtatgca atttttttta 

11401 gaatcttcga tactttctaa atttggattt ttttctaagt ttgtcttaat tactgattta 

11461 aatagtgttg ttatattatc ttctgattta aaaacggcaa aaattgttaa aagtagtttg 

11521 ttaatttttt ttcattcgcg tggtatttgc caaaatttcc gtgataattc tattgtcgac 

11581 tttttttgta aaaattgtga gaataaaaat tttgtttttt gcgggattac ttttcactat 

11641 aaattgattc atggagaata taaatttgtt ttatctccaa ttttggaaaa aattaagaat 

11701 gtaaaaaaaa aagttttaaa cctttgtaaa aaattttcta aacctttagt tcttttcgac 

11761 aatatcaaac ctttgatgaa gtcttggttt aattcttata aaattattaa aaacaattat 

11821 tcttttttaa aattgtctta ttggatagta ggaaaaataa caaaatcaat ttatctttta 

11881 tatgttaatt cgaattttga aaggggaaaa tttggtattc gtaaaggtag acggtctgga 

11941 agactttata aaaatatagc tgctcaggtt gttaaaaggt tatatttttt aaaagatcaa 

12001 caacgttttt ttataaatac cattgaaggg aaaattatat ttaaaggttt tagcgttggt 

12061 ttatcaaaaa aaaatagtat agaactgaaa aatttttttt caaattcttt aaaaggtaaa 

12121 aaattttttg ccacttttgg taaaaatttt ttttaattgt tttgactatt acgatttgag 

12181 gacacttatc tttcaagata aatcatttgc tagagagtat ttttttcgaa aatgtaaagg 

12241 attttgccct ctttgtaaaa gagatttttt actttgcaat tttaaatttt attatgtagt 

12301 tccaattaat ttgaattatt taaaaaaaat ttttaatgtt atacctttgt gtttttgttg 

12361 ttacaaaatg gtttttatga ttatgaaaat taataatgtg agaagtttag aaaaatttat 

12421 tcgattatct ttgttgaagt taaattgaaa tttcatatct tggattcgta gaattagaat 

12481 agaaggagag gagccgtatg aattaaaatg ttcatgtacg gttttggagg gacttattgt 

12541 ttttttaagt caccctcacg ttatttgttc ctgtaacagg attgaggatg agtgctttgg 

12601 gtattgttgg attagctctt aatttacgtg cttatgattt cgtttctcaa gaaatccgtg 

12661 ctgcagaaga tccagaagtg tgtatattta gtttttactt tattttttcg atttaataat 

12721 aggcaaaatc taaaaataat ttttgtttag gataagttat taagcatttt atttattttt 

12781 tttttttatt atttttttta atattatggt aggttatatg tatttttaat aagtttatat 

12841 aatagtaaaa aaagaattgt aagttttatt taatttttcg taaataaaag gttgttcacg 

12901 ttttatttgt ttaatacttt ttaatggttt tttatatgct ttttatgtgt gaaaattttt 

12961 ttgcatatta gtaccttaat gaaaagtagt atgtatttga aagcaagtac tatttggtaa 

13021 gaggtatttt tattaaatac cgacttctac tttgaaactt t

[top]


[ORF sequence]

 

506 a.a.

 

MLIKVNFMEHYLLNKQFELASAIKSRNKILIHKLVSDVLVSYNSLCYAVYKTLKNSDD

KSSSNIQKKKKKKKNFQNLVDSLKCFVLNYDFYKIRCLNLYYLRNFIDCKDQFLHFHF

LDIALQNLYSFIFFPFLESNLDKFTYGPRVFRSSIDAVKVLFLLGKQKKYSNYNKYLF

CFAFNYTIVKCFDAVFNSWVLSNVSFIDKSILSFWVKNGFDNFYSGDQFFFQKKNFEI

NRGTSLIFLVIFNFVFMGMQFFLESSILSKFGFFSKFVLITDLNSVVILSSDLKTAKI

VKSSLLIFFHSRGICQNFRDNSIVDFFCKNCENKNFVFCGITFHYKLIHGEYKFVLSP

ILEKIKNVKKKVLNLCKKFSKPLVLFDNIKPLMKSWFNSYKIIKNNYSFLKLSYWIVG

KITKSIYLLYVNSNFERGKFGIRKGRRSGRLYKNIAAQVVKRLYFLKDQQRFFINTIE

GKIIFKGFSVGLSKKNSIELKNFFSNSLKGKKFFATFGKNFF

[top]


[secondary structure]

 not available

 

[top]