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Information of Tr.e.F1 intron 

 

3' end

                                                               gttaaact
18421 aagcaaacca atttccggtt atcctttata aggtctgctc gtcttcagaa ccggacgtga
18481 gactttcacc tcatcacggc tcctctctta aacgtcccat tcaagggtac acccaatgaa
18541 attccaccta aaatctaatt agtctaatag gctcactgct ttcaagtctt cagcagtttt
18601 tttttaatag tgacaatgta aacataacac ttgtttattc ttatgtgttt tgttaccacc
18661 ttcagaccag ggaacgatgt agtcaacttc gatttataca gttggcctga agtttaatcc
18721 acaaaatacg tatttgtttt tctgactttt tattagtgtt actacttctg tctttacacc
18781 tgggtgttta gcaattctac tattccaata agtccagtca caatcagatg atttgtgaac
18841 tttcaccttg atatgcctta cagtagatat ctctaagtgt tgatttggta aatatctacg
18901 cctttccaga atcaaattgc cattatcaat attaagcaaa tactttttat tgacctagtt
18961 gcttgactcg tttggatacc ttctatttgt ccatcaacct attcttttca acaagagatt
19021 attcagtgag tctaaatatc tttttactga cttgggtaga aaagtaatta ccccatcctc
19081 caattactgg attaagtttc tttattagcg ctctaatgga agcagatttg tgagaattat
19141 atatatccgc taatttccta tagtcaaata ccccagaatt taagcatttt ttgattagtt
19201 atctgtagac tttgctacca tcttttctag cagtgcatca tgattaatta ggcttataca
19261 tttggatata tcaacatcta acacatcatc taacacatct ttagttttct gcttgacact
19321 gtcaaagata gcactaatag catgatgtgt tgatcgtcgt ggttgaaaac catgactgtt
19381 aggctcgaaa cctgctttcc attctggtga gttacctaat tttaccaggg cttgtaatgt
19441 attctcctac atctttgggg atcctagctg tcccttttca tctcttccta gtattggtat
19501 tgaggatcta agggtcggac ttcccttgaa gtaatttgat ttcaataagt ttacaaagtt
19561 aaatctttgc ttatgaggta gatttttgat gctatccaca gccacatttt tttccccaag
19621 tctacctatg ttactcacct aagagctagt aacccagcat aataactaga agtcagaagt
19681 ttttagtatt tacgcatctt gctaattttg tttgccacgg ctggatgctc tgtaaattaa
19741 cttttgcaac ttcaatacat tcttctcaac ctttttccag tctgtatctc gccactttag
19801 ggctagtttg atagagactt gggagagtat atcgtctgta tcccatgcca cacttaaaaa
19861 tagtttagga ttttctaaat ttatttttag tgttttagcc ttattcatcg ctaattgtca
19921 ccttacatta cgtttaacag tgagtacgtc tgcttcaatg agcttcttac tcaatcctac
19981 tctctctaag acctacgacc attttgcgta gattgacctt gaatggcttc ctaagttttc
20041 gacctatact cttaggtgtc ttagagaagt ttccttgttc ccttatgcct ttattgcgac
20101 tgatttagcg gggcaaaatc tcccggaggg ttcgtattgg ttgttgataa ttactactct
20161 atataattat ccatagaccc tctgactttc gtcctacata aactagctac ctttaaaatg
20221 gtctattatc acgagagttt aattaccttc ctgttcgtcc acctgtcagt ctctgctaga
20281 agtctcactt atctggtagt taaagctttg accccattta gaccagcttc aaggattgat
20341 gttcagtctc taccttgtgg cctacgctgt caacccaaca acaaggcggt aggaatctca
20401 cctacaaggt cataagagtt attcacaagt cgaggttgtc ctcatgtgtt gacttggaac
20461 ggccatttat atcctaatta aaggtttagt ggccaacaag tcgcac

 

5' end  

 

5' end 

 

gtgcgacttgttggccactaaacctttaattaggatataaatggccgttccaagtcaacacatgaggacaacctcgactt
gtgaataactcttatgaccttgtaggtgagattcctaccgccttgttgttgggttgacagcgtaggccacaaggtagaga
ctgaacatcaatccttgaagctggtctaaatggggtcaaagctttaactaccagataagtgagacttctagcagagactg
acaggtggacgaacaggaaggtaattaaactctcgtgataatagaccattttaaaggtagctagtttatgtaggacgaaa
gtcagagggtctatggataattatatagagtagtaattatcaacaaccaatacgaaccctccgggagattttgccccgct
aaatcagtcgcaataaaggcataagggaacaaggaaacttctctaagacacctaagagtataggtcgaaaacttaggaag
ccattcaaggtcaatctacgcaaaatggtcgtaggtcttagagagagtaggattgagtaagaagctcattgaagcagacg
tactcactgttaaacgtaatgtaaggtgacaattagcgatgaataaggctaaaacactaaaaataaatttagaaaatcct
aaactatttttaagtgtggcatgggatacagacgatatactctcccaagtctctatcaaactagccctaaagtggcgaga
tacagactggaaaaaggttgagaagaatgtattgaagttgcaaaagttaatttacagagcatccagccgtggcaaacaaa
attagcaagatgcgtaaatactaaaaacttctgacttctagttattatgctgggttactagctcttaggtgagtaacata
ggtagacttggggaaaaaaatgtggctgtggatagcatcaaaaatctacctcataagcaaagatttaactttgtaaactt
attgaaatcaaattacttcaagggaagtccgacccttagatcctcaataccaatactaggaagagatgaaaagggacagc
taggatccccaaagatgtaggagaatacattacaagccctggtaaaattaggtaactcaccagaatggaaagcaggtttc
gagcctaacagtcatggttttcaaccacgacgatcaacacatcatgctattagtgctatctttgacagtgtcaagcagaa
aactaaagatgtgttagatgatgtgttagatgttgatatatccaaatgtataagcctaattaatcatgatgcactgctag
aaaagatggtagcaaagtctacagataactaatcaaaaaatgcttaaattctggggtatttgactataggaaattagcgg
atatatataattctcacaaatctgcttccattagagcgctaataaagaaacttaatccagtaattggaggatggggtaat
tacttttctacccaagtcagtaaaaagatatttagactcactgaataatctcttgttgaaaagaataggttgatggacaa
atagaaggtatccaaacgagtcaagcaactaggtcaataaaaagtatttgcttaatattgataatggcaatttgattctg
gaaaggcgtagatatttaccaaatcaacacttagagatatctactgtaaggcatatcaaggtgaaagttcacaaatcatc
tgattgtgactggacttattggaatagtagaattgctaaacacccaggtgtaaagacagaagtagtaacactaataaaaa
gtcagaaaaacaaatacgtattttgtggattaaacttcaggccaactgtataaatcgaagttgactacatcgttccctgg
tctgaaggtggtaacaaaacacataagaataaacaagtgttatgtttacattgtcactattaaaaaaaaactgctgaaga
cttgaaagcagtgagcctattagactaattagattttaggtggaatttcattgggtgtacccttgaatgggacgtttaag
agaggagccgtgatgaggtgaaagtctcacgtccggttctgaagacgagcagaccttataaaggataaccggaaattggt
ttgcttagtttaac

 

3' end 

[top]


 

[intron& flanking sequence]

 

17881 tgtcagcatt gctacttgga catctgccga acctgtatct gtttcatgag tttgatactc
17941 accaataatc tcttgtttac gctgttgttt gagagccata tactttattt attaaccttt
18001 aaaaaaatac tacaaactgt tactatatca cataaattaa ttcttataaa tacctatatg
18061 aaatttttac agttgagtag aacgactcaa ccaactaata gcttctcgaa tccagtcttc
18121 tgcatttgta tttttggaca tattagcatc tttactaact gcttgcaatg attgtattac
18181 ttcttgacct gtgtatccta aagccaacaa agtcatttct acttcttctt gaatagcagg
18241 cataactccc actggtactg atgtagttaa acctgcatct tgtcgccact cggccaattt
18301 atttttcaat tctaaagtaa tacgttctgc tgtttttgct cctactcctg gggttttggc
18361 taatacacga gtatttccac caacaatagc ttgaactaag tcgggtaatt ctgttaaact
18421 aagcaaacca atttccggtt atcctttata aggtctgctc gtcttcagaa ccggacgtga
18481 gactttcacc tcatcacggc tcctctctta aacgtcccat tcaagggtac acccaatgaa
18541 attccaccta aaatctaatt agtctaatag gctcactgct ttcaagtctt cagcagtttt
18601 tttttaatag tgacaatgta aacataacac ttgtttattc ttatgtgttt tgttaccacc
18661 ttcagaccag ggaacgatgt agtcaacttc gatttataca gttggcctga agtttaatcc
18721 acaaaatacg tatttgtttt tctgactttt tattagtgtt actacttctg tctttacacc
18781 tgggtgttta gcaattctac tattccaata agtccagtca caatcagatg atttgtgaac
18841 tttcaccttg atatgcctta cagtagatat ctctaagtgt tgatttggta aatatctacg
18901 cctttccaga atcaaattgc cattatcaat attaagcaaa tactttttat tgacctagtt
18961 gcttgactcg tttggatacc ttctatttgt ccatcaacct attcttttca acaagagatt
19021 attcagtgag tctaaatatc tttttactga cttgggtaga aaagtaatta ccccatcctc
19081 caattactgg attaagtttc tttattagcg ctctaatgga agcagatttg tgagaattat
19141 atatatccgc taatttccta tagtcaaata ccccagaatt taagcatttt ttgattagtt
19201 atctgtagac tttgctacca tcttttctag cagtgcatca tgattaatta ggcttataca
19261 tttggatata tcaacatcta acacatcatc taacacatct ttagttttct gcttgacact
19321 gtcaaagata gcactaatag catgatgtgt tgatcgtcgt ggttgaaaac catgactgtt
19381 aggctcgaaa cctgctttcc attctggtga gttacctaat tttaccaggg cttgtaatgt
19441 attctcctac atctttgggg atcctagctg tcccttttca tctcttccta gtattggtat
19501 tgaggatcta agggtcggac ttcccttgaa gtaatttgat ttcaataagt ttacaaagtt
19561 aaatctttgc ttatgaggta gatttttgat gctatccaca gccacatttt tttccccaag
19621 tctacctatg ttactcacct aagagctagt aacccagcat aataactaga agtcagaagt
19681 ttttagtatt tacgcatctt gctaattttg tttgccacgg ctggatgctc tgtaaattaa
19741 cttttgcaac ttcaatacat tcttctcaac ctttttccag tctgtatctc gccactttag
19801 ggctagtttg atagagactt gggagagtat atcgtctgta tcccatgcca cacttaaaaa
19861 tagtttagga ttttctaaat ttatttttag tgttttagcc ttattcatcg ctaattgtca
19921 ccttacatta cgtttaacag tgagtacgtc tgcttcaatg agcttcttac tcaatcctac
19981 tctctctaag acctacgacc attttgcgta gattgacctt gaatggcttc ctaagttttc
20041 gacctatact cttaggtgtc ttagagaagt ttccttgttc ccttatgcct ttattgcgac
20101 tgatttagcg gggcaaaatc tcccggaggg ttcgtattgg ttgttgataa ttactactct
20161 atataattat ccatagaccc tctgactttc gtcctacata aactagctac ctttaaaatg
20221 gtctattatc acgagagttt aattaccttc ctgttcgtcc acctgtcagt ctctgctaga
20281 agtctcactt atctggtagt taaagctttg accccattta gaccagcttc aaggattgat
20341 gttcagtctc taccttgtgg cctacgctgt caacccaaca acaaggcggt aggaatctca
20401 cctacaaggt cataagagtt attcacaagt cgaggttgtc ctcatgtgtt gacttggaac
20461 ggccatttat atcctaatta aaggtttagt ggccaacaag tcgcac
agag tatctaatag
20521 agcgatcgct aattgtgccc caataccact tacgcttact aactgacgaa ataagtctct
20581 ttcagctgaa gtaccaaaac cgtacaagac catttggtct tctcgcattt gttggtgagt
20641 aaaaacttgc acctgcttcc cttcctgtaa actctgagtt aaacgaggta gaacttgtag
20701 ctcataacct acttgattaa cctctaaaat tacagtcata cgaaaaccac tgcctttgta
20761 cacatttgcc actttgcctt ttagatagtt aatcattcaa attaattcaa aattatcatc
20821 aaattatata ttaatgacaa ctcttgaaac aacaaagtta atattcacaa agtttcagat
20881 tatactagat ttacttcaac aaataacatt tatataaaat tcaaatctgt ggggataatt

[top]


[ORF sequence]

 

MNKAKTLKINLENPKLFLSVAWDTDDILSQVSIKLALKWRDTDWKKVEKNVLKLQKLIYR

ASSRGKQN*QDA*ILKTSDF*LLCWVTSS*VSNIGRLGEKNVAVDSIKNLPHKQRFNFVN

LLKSNYFKGSPTLRSSIPILGRDEKGQLGSPKM*ENTLQALVKLGNSPEWKAGFEPNSHG

FQPRRSTHHAISAIFDSVKQKTKXDISKCISLINHDALLEKMKDGSKVYR*LIKKCLNSG

VFDYRKLADIYNSHKSASIRALIKKLNPVIGGWGNYFSTQVSKKIFRLNNLLLKRIG*WT

NRRYPNESSN*VNKKYLLNIDNGNLILERRRYLPNQHLEISTVRHIKVKVHKSSDCDWTY

WNSRIAKHPGVKTEVVTLIKSQKNKYVFCGLNFRPTV*IEVDYIVPWSEGGNKTHKNKQV

LCLHCHY*KKTAE

              

top]


[secondary structure]

 

 

[top]